选择合适的精灵对于游戏进程至关重要。初始精灵小火龙、妙蛙种子和杰尼龟各有优势，小火龙后期进化为喷火龙后拥有强大的火属性攻击力，妙蛙种子具备草和毒双属性优势，而杰尼龟则以高防御和水系技能见长。这三只精灵都能在游戏不同阶段发挥重要作用，选择时需要综合考虑队伍平衡和个人战斗风格。
游戏前期捕捉皮卡丘和绿毛虫是性价比极高的选择。皮卡丘的电属性在对抗水系和飞行系时效果显著，而绿毛虫快速进化为巴大蝶后能学会催眠粉和麻痹粉等控制技能，对捕捉野生精灵和道馆战都有帮助。常磐森林是获取这两只精灵的最佳地点，建议在此处多花时间培养。尼比市道馆前捕获的小拳石能有效克制首个岩石系道馆，其地面属性也将在后续冒险中持续发挥作用。
中期推荐重点培养的精灵包括卡比兽、伊布和化石翼龙。卡比兽的高生命值和防御使其成为可靠的坦克，伊布的多重进化路线可根据队伍需求选择不同属性分支，而通过化石复活的化石翼龙则拥有出色的速度和攻击力。这些精灵的获取方式各异，卡比兽需要唤醒挡路的个体，伊布在彩虹市大楼顶层获取，化石则在月见山深处二选一，玩家需要合理规划获取顺序。
游戏后期的神兽选择直接影响通关效率。火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟三圣鸟分别位于灯火山顶、无人发电厂深处和双子岛，它们拥有极高的种族值和专属技能。超梦作为终极BOSS级存在，虽然捕捉难度极高，但其超能力属性在后期战斗中几乎所向披靡。部分神兽需要特定技能才能到达其所在地点，如冲浪和攀瀑对于捕捉超梦是必备技能。
队伍搭配需要考虑属性互补和技能覆盖。理想的阵容应包含火、水、电、超能等主要攻击属性，同时兼顾物理攻击和特殊攻击的平衡。例如以喷火龙为主力时需要搭配妙蛙花或其他水系精灵弥补弱点，而选择闪电鸟作为电系代表时则要注意防范地面系攻击。技能机器的合理分配也至关重要，一些强力技能如破坏光线、暴风雪等应该优先给予核心输出精灵。
精灵的性格和个体值对最终战斗力有显著影响。虽然前期不必过分追求完美属性，但在培养核心精灵时，攻击型精灵适合固执或开朗性格，而特攻型则优选保守或胆小。通过竞争背心等道具可以定向培养特定能力值，后期在冠军之路等区域刷级时能更高效地塑造理想属性。某些精灵如超梦即使性格不理想也依然强大，不必因过度追求完美而影响游戏体验。
